研究内容

Bioinformatics(生命情報科学)とは?

私たちの研究室では、ゲノムの配列情報に代表される「生命情報」を情報科学的に扱い、生命現象の理解を目指しています。
具体的には、ゲノム配列の解析、遺伝子の発現量解析、タンパク質の機能解析などです。
従来の生物学は個別の議論を蓄積し、どんどん教科書を分厚くする枚挙の学問でした。
もちろん個別論を見る楽しさは生物学の醍醐味ですが、生命情報ビックバンとも言える急激な生命情報の増加により、生物学は変わりつつあります。…
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情報学的にどのような課題があるのか?

生命情報ビッグバンの時代に、情報学的に生命現象を理解するために何が求められているのでしょうか?
大きな柱は3つあると思います。…
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学生の研究テーマ

学生の研究テーマ一覧です。
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実験を行う研究者が使えるwebデータベースの構築

生物学のみならずすべての自然科学では、すべての学説は実験で検証される必要があります。
そのため、解析を行った結果は、実際に実験の研究者が利用できる、使い勝手の良いデータベースとして公開されることが非常に大切です。
我々の研究室でも数多くのデータベースを構築してきましたが、今後も、より実験家の役にたつデータベースの構築を行い、生物学の理解を進めることを目指しています。

我々が開発した主なデータベースやWebサービス:

logo-f-site/ eF-surf
/ eF-seek
eF-site is a?database for molecular surfaces of proteins’ functional sites, displaying the electrostatic potentials and hydrophobic properties together on the Connolly surfaces of the active sites, for analyses of the molecular recognition mechanisms.eF-surf is a web server to calculate the molecular surface of the up-loaded file with PDB format in the same way as the eF-site database.eF-seek is a web server to search for the similar ligand binding sites for the uploaded coordinate file with PDB format.
  • Protein
  • PDB
?logo-atted ATTED-II provides co-regulated gene relationshops to estimate gene functions.
  • Gene Exspression
  • Gene Network
?logo-coxpresdb COXPRESdb provides co-regulated gene relationships to estimate gene functions.
  • Gene Exspression
  • Gene Network
?logo-psite piSite is a web-based database of protein interaction sites.
  • Protein Interaction
logo-prdos/ metaPrDOS PrDOS is a server to predict natively disordered regions of a protein chain from its amino acid sequence.metaPrDOS is a meta server to predict natively disordered regions of a protein chain from its amino acid sequence.
  • Disordered protein
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