学生の研究テーマ

博士研究

2015年度
・岡村容伸：Development of fast meta-analysis method for RNA-Seq, and its application to the analysis of conserved coexpression gene network

修士研究

2015年度
・小澤和也：生命医学論文を用いた遺伝子機能予測法の開発
・寺嶋友美：バイト対符号化圧縮を利用したプロモーター比較法の開発
・中村篤大：系統樹の比較によるタンパク質相互作用パートナー予測法の開発
・水谷卓朗：ゲノムデータに基づいた個人推定の可能性についての検討
・朴　松煥：ストリーミング式ゲノム変異解析法の開発

2014年度
・岡野悠太郎：ファミリー遺伝子の構成と発現の種間比較のためのシステム開発とヒト内分泌ホルモンへの応用
・齊藤俊幸：カリウムイオンチャネルにおけるイオンと水分子透過機構の分子動力学シミュレーションによる解析

2013年度
・伊藤聡史：ゲノム配列解析による遺伝子共発現の発生メカニズムの解明
・田高　周：相互作用ネットワーク内の機能モジュール抽出法の開発
・中村幸平：タンパク質ポケット構造情報を利用したリガンド結合部位予測法の開発
・沼倉健介：個人ゲノム変異のアノテーションのためのWebアプリケーション開発

2012年度
・岡村容伸：遺伝子共発現の比較法の開発と遺伝子機能予測への応用
・千葉　奏：VSOPの立体構造モデリングと分子動力学シミュレーションによる機能解析
・土多隆雄：遺伝子発現量データを利用した表現型の違いに影響を及ぼす遺伝子セットの検出方法の開発
・平谷　圭：同義コドン利用頻度の種間比較と発現量との相関解析

卒業研究

2018年度

相澤元太：3Dプリンターを用いたパズル型タンパク質分子モデルの製作
タンパク質分子の立体構造を理解を深めるのに分子模型は有効である。近年、タンパク質の分子模型を3Dプリンターによって製作する技術が進んでいる。しかし、3Dプリンターよりも大きい模型を製作することは難しい。本研究ではこの問題を解決するため、アミノ酸1残基をパズルのピースとして、結合、分離が可能な新しいタンパク質分子模型の製作を行った。

荒井奎甫：機械学習を用いた声紋の分析による顔型の分類
有事の際にカメラなどの映像機器を用いて対象となる人物の容姿、特に顔を認識可能にすることは非常に重要であると考えられる。しかしながらカメラによる情報取得には画角、カメラと対象の位置、光の加減など顔認識の精度が落ちてしまう要因が多く存在する。本論文では音声データの解析によって対象とする人物の顔型を予測することを目的として機械学習を行なった。

小澤悠：遺伝子の一次元配列表現による遺伝的プログラミングの改善
遺伝的プログラミングの進化過程において遺伝子が肥大化する問題の解決手法として、交差や突然変異によって構造の壊れた遺伝子を正しい遺伝子として解釈するためのルールを設ける Int-GA を提案し、従来の遺伝的プログラミングと比較し、性能を評価・考察する。

新田大輝：音楽関連遺伝子に関するメタ解析
音楽の鑑賞や演奏は、ヒトの脳が持つ複雑な認知機能を代表するものである。本研究では、音楽的形質に関する遺伝子レベルでの研究結果を統合して候補遺伝子の順位付けを行い、音楽に関与する生物学的機能をより包括的な視点から明らかにすること、およびその結果をヒトと他の動物間で比較・考察することを目的とする。

三好壮哉：機械学習を用いた不正レビュー文章を検出する予測器の開発および前処理手法の比較
インターネットを利用した売買がますます活発化する今日において、インターネット上で商品やサービスに対する評価の文章、いわゆるレビュー文章を目にする機会が増えた。このようなユーザーによって書き込まれたレビュー文章の中には、特定の企業の利益となるような偽りのレビュー文章が存在している可能性があり、そのためレビュー文章全体の信頼性および有用性が低下してしまう可能性がある。そこで本研究では、ホテル予約サイトに掲載されたレビュー文章から、機械学習によって偽りのレビュー文を検出する予測器を作成した。その予測器がレビュー文のどの単語を手がかかりに予測しているのかを調べ、一般のユーザーがレビュー文の信頼性を判断することを助けることを目的とした。また、予測器の作成のための文章の前処理の手法を比較した。その結果、文中の共起表現に注目した提案手法はよく知られている TF-IDF による文章の前処理手法に近い精度を達成しうる可能性を見だした。

矢後志明：機械学習を用いてテーマパークの混雑具合を予測する
テーマパークの混雑具合は季節や天気などの様々な要因によって変動する。テーマパークの来場客にとって、この混雑具合を事前に把握することは非常に重要なことである。本研究では、過去の混雑具合の傾向から、機械学習によって未来の混雑予測を行った。

2016年度

栗本優美：ゲノム変異に基づく味覚の人種間差の分析
近年、 世界中でバイオバンクが設立されており、集団的なゲノム解析による疾患の原因究明などが行なわれている。さらに、味覚は「食べる」という動物が生きていく上での必要最低限の行為を助けている。本研究では、味覚研究の現状について踏まえた上で、塩味受容体関連遺伝子上のSNPについて人種間で差が観測されるかどうかを調べるものとする。

笹澤健太：機械学習を用いたＷｅｂテキストのスタイル変換器の開発
天満森夫：セルオートマトンの並列高速シミュレーション法の開発

2015年度

加賀谷祐輝：latticeモデルによるタンパク質の構造分析
タンパク質の立体構造の粗視化モデルであるLatticeモデルを用いて、3*3*3のLatticeにおける全構造の列挙をZDDを利用して行い、10万3346通りのユニークな構造を得た。また、得られた立体構造について、RMSDを用いて構造の比較や考察を行った。

佐藤広夢：人間とコンピュータの棋譜を用いた囲碁アルゴリズムの改良の検討
近年, 思考ゲームにおける人工知能の発展は著しく, コンピュータがトップクラスの人間に勝利する競技も増えてきている. その一方で囲碁は, その知名度に反して, 人工知能の発展が他の競技よりも遅れていた. その原因は人間とコンピュータの思考プロセスの違いにあると考えられる. そこで本研究では, 人間の棋譜とコンピュータの棋譜を分析して思考プロセスの違いを明らかにすることをを試みた. また, その違いがどのような理由で生じているのかについて考察し, 今後の囲碁アルゴリズムの改良について検討を行った

田河賢治：リストバンド型活動量計における心拍数計測信頼性評価
ここ数年において日々の歩数、消費カロリー、睡眠時間等を記録する活動量計が急速に認知、普及し始めている。一般的にそれらは運動時の加速度を基準に活動量を計測するものが多いが、この加速度の変化のみでは個々人の相対的な運動強度を正しく評価することが難しい。そこで最近では加速度よりもより的確に相対的運動強度を定義できる心拍数を利用した活動量計が市場に出回り始めている。本研究はこの中でも特に光学式心拍計が内蔵されたリストバンド型活動量計の様々な活動時における心拍計測精度を、従来の電極式心電計と比較し評価することで、市販されている光学式心拍計の信頼性を明らかにするものである。

平田悠貴：スライド情報を元にした学会発表用ポスターの自動生成システムの開発
近年の学会発表では学術ポスターを用いることが主流となってきているが、その製作には多大な労力が必要とされる。本研究ではポスター製作作業の効率化のため、プレゼンテーションスライドの情報を元に学術ポスターを自動生成するシステムの実装及び出力の考察を行った。

2014年度

安澤隼人：ChIP-Seqデータ解析パイプラインの開発
池野直人：生物学分野の研究動向をGene Ontology を用いて可視化する web サービスの開発
小館　俊：引用関係ネットワークの動的可視化法の開発と生物分野文献への応用
佐藤壮真：論文の概要把握を目的とした自動要約システムの開発

2013年度

小澤和也：バイオキュレーション支援システムの開発
寺嶋友美：比較ゲノムによる尻尾形成遺伝子の探索
水谷卓朗：In situ hybridization 画像の解析による遺伝子共発現ネットワークの推定
南谷和毅：2型糖尿病予防のための病気予測モデルの開発

2012年度

浅見修佑：味覚受容体の遺伝的多様性の解析
齊藤俊幸：分子動力学法による電位依存性ナトリウムチャネルの解析
中村篤大：生物毒データベースの開発
藤原　脩：CYPの個人差と薬理作用の解析

2011年度

伊藤聡史：共発現データの評価法の確立
田高　周：生物学的なネットワークとグラフ
中村幸平：タンパク質－化合物相互作用データを用いた予測モデルの構築と精度の向上
沼倉健介：顕微鏡画像からの特定部位検出の自動化に関する研究

2010年度

岡村容伸：保存共発現ネットワークの作成
千葉　奏：マイコプラズマの滑走運動と種間における相同性
土多隆雄：体組織間の遺伝子発現量の違いとガンの関係性について　～CYP family and UGT family～
平谷　圭：サイレント変異がもたらす人体への影響

アドバンス創造工学研修

2015年度
・栗本優美：ヒト分子共進化ネットワークの特徴付けと創薬応用への展望

2014年度
・栗本優美：遺伝子共進化法からみるヒトの特徴

2013年度
・邉見ふゆみ：次世代シークエンサを用いたトリプレットリピート病診断法の開発
・Jisoo Cha：Characterization of miRNA, 3’UTR and 5’UTR sequences toward miRNA degradation networks.

2012年度
・邉見ふゆみ：配列特異性からみたトリプレット病病原遺伝子の進化