講演（2013）

国内会議

• 城田松之，千葉奏，笠原浩太，木下賢吾．「相同モデリングと分子動力学シミュレーションによるHv1プロトンチャネルのプロトン透過機構の解析」第90回日本生理学会，2013年3月27日，船堀タワーホール（東京）
• Kota Kasahara, Kengo Kinoshita. “GIANT:a database for pattern analysis of protein-small ligand atomic contacts” 13回日本蛋白質科学会年会, 2013年6月12日,とりぎん文化会館（鳥取）
• 城田松之，木下賢吾，「ヒトゲノム参照配列における『迷子』蛋白質」第13回日本蛋白質科学会年会, 2013年6月14日,とりぎん文化会館（鳥取）
• Yasunobu Okamura, Shu Tadaka, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita.”Hyokai: The fast table viewer for big data analysis” 第2回 生命医薬情報学連合大会, 2013年10月29,30,31日, タワーホール船橋（東京）
• Kohei Nakamura, Kasahara Kota, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita.”Development of descriptors of protein-ligand binding sites with genetic algorithm” 第2回 生命医薬情報学連合大会, 2013年10月29,30,31日, タワーホール船橋（東京）
• Shu Tadaka, Yasunobu Okamura, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita. “ATTED-II meets the Semantic Web, 第2回 生命医薬情報学連合大会, 2013年10月29,30,31日, タワーホール船橋（東京）
• Murakami Yoichi, Kinoshita Kengo, Kinjo R Akira, Nakamura Haruki, Protein Function Prediction based on Similarity of Molecular Surfaces of Ligand-Binding Sites, The 201 A3nnual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, 2013年10月29日-31日，タワーホール船堀（東京)
• Toshiyuki Saito, Kota Kasahara, Matsuyuki Shirota, Hiroko Kondo, Kengo Kinoshita. “Behavior of potassium ions around the potassium channel in relation to permeation events” 第51回日本生物物理学会年会, 2013年10月28日, 国立京都国際会館（京都）
• Kota Kasahara, Matsuyuki Shirota, Toshiyuki Saito, Hiroko Kondo, Kengo Kinoshita. “Molecular Dynamics Study on Ion Conduction Mechanisms of a Voltage-sensitive Potassium Channel” 第51回生物物理学会年会, 2013年10月29日, 国立京都国際会館（京都）
• Matsuyuki Shirota, Susumu Chiba, Kota Kasahara, Hiroko Kondo, Kengo Kinoshita. “Evaluating the impact of charged residues in proton channel Hv1 by computer simulations” 第51回生物物理学会年会, 2013年10月28日, 国立京都国際会館（京都）
• Kensuke Numakura, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita. “perGENIE: a web application for personal genome interpretation” 第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月3日, 神戸国際会議場
• Yasunobu Okamura, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita．”Gene network and gene module prediction based on coexpression conservation” 第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月4日, 神戸
• Shu Tadaka, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita. “NCMine: a novel method for exploring clusters in biological networks” 第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月3日, 神戸
• Fuyumi Hemmi, Yasunobu Okamura, Kensuke Numakura, Matsuyuki Shirota, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita．”Characteristics of triplet repeat sequences produced by next generation sequencer” 第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月3日, 神戸
• Satoshi Ito, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita．”Predicting gene coexpression from codon usage” 第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月5日, 神戸

国際会議

• Murakami Y, Kanamori E, Sarmiento J, Liang S, Standley D.M, Shirota M, Kinoshita K, Tsuchiya Y, Nakamura H, An Automatic and Semi-automatic Approach for Predicting Protein-Protein Complex Structures, CAPRI Meeting 2013, 2013年4月17日，Utrecht, Portland
• Yasunobu Okamura, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita．” Functional gene network prediction based on conservation of gene expression patterns．”, 21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2013年7月23日, Berlin, Germany
• Kota Kasahara, Kengo Kinoshita.” GIANT: a web-server for analyzing protein-small ligand interactions based on statistically preferred patterns of atomic contacts” ISMB/ECCB 2013,July 22,2013. Berlin, Germany
• Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita. “On the discrepancies between mRNA and genome sequences in human reference databases.” ISMB/ECCB 2013,July 22,2013. Berlin, Germany
• Kensuke Numakura, Kevin Gray, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita. “perGENIE: an open source web application for personal genome interpretation” Cold Spring Harbor Asia conference on Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology, 2013年9月24日. Suzhou, China

その他

• 大林武，岡村容伸，伊藤聡史，田高周，木下賢吾.「共発現ネットワークは実在するのか？」生命情報科学若手の会第４回研究会，2013年3月2日，岡崎
• 岡村容伸, 大林武, 木下賢吾 ．「遺伝子発現パターンの比較による遺伝子機能 ごとの発現解析」, 生命情報科学若手の会第４回研究会, 2013年3月2日, 岡崎
• Yasunobu Okamura, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita ．” Gene module detection from the conservation of gene coexpression patterns among species” 情報処理学会第33回バイオ情報学研究会, 2013年3月21日, 東北大学
• 土多隆雄, 大林武, 木下賢吾．「遺伝子発現量データを利用した表現型の違い に影響を及ぼす遺伝子セットの検出方法の開発」情報処理学会第33回バイオ情報学研究会, 東北大学, 2013年3月21日
• Shu Tadaka, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita．” Identification of functional modules in protein network by near-clique detection” 情報処理学会第33回バイオ情報学研究会, 2013年3月21日, 東北大学
• Kensuke Numakura, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita. “perGENIE: a web application for personal genome interpretation” NIH-Tohoku University-JSPS Symposium, 2013年5月10日, 東北大学
• 沼倉健介, 田高周, 木下賢吾.「perGENIE: パーソナルゲノムのアノテーション・解釈のためのWebアプリケーション」NGS現場の会第三回研究会, 2013年9月4,5日, 神戸国際会議場
• 城田松之．「蛋白質の構造と配列の進化」CPS研究会，2013年9月20日，鳴子観光ホテル
• 大林武，岡村容伸，伊藤聡史，田高周，青木裕一，木下賢吾．「ATTED-II: 植物の遺伝子共発現データベース」トーゴーの日シンポジウム2013．2013年10月4日，時事通信ホール
• 中村春木，金城玲，村上洋一，木下賢吾，「PDBjとwwPDBにおけるデータ統合の進展」，トーゴーの日シンポジウム2013，2013年10月5日，時事通信ホール
• 伊藤聡史, 大林武, 木下賢吾.　「ゲノム配列に基づく遺伝子共発現の予測」第28回生体生命工学研究会.　2013年11月25日.　東北大学