Book chapters
- 木下賢吾、笠原浩太、ゲノム情報・タンパク質情報の大規模解析、宇川彰、押山淳、小柳義夫、杉原正顯、住明正、中村春木編、岩波書店・計算科学、2012年、2章担当（ ISBN: 9784000113045 )
- 木下賢吾、トランスポートソームの世界〜膜輸送研究の源流から未来へ〜 金井好克、竹島浩、森泰生編、廣川書店、2011年、4-3-1、4-3-2章担当（ISBN:?9784901789660）
- Kengo Kinoshita, Takeshi Obayashi, Protein function prediction for omics era, Edited by Daisuke Kihara (Purdue Univ, USA), Springer Verlag, in printing 2010, chapter 11を執筆（ISBN: 9789400708808）
- 木下賢吾、タンパク質の立体構造入門（基礎から構造バイオインフォマティクスへ）、藤博幸編、講談社、2010年、4章と6.3節担当（ISBN: 9784061538818）
- 中井謙太、渋谷哲郎、木下賢吾、数理科学事典第２版（７章バイオインフォマティクス）、丸善書店、2009年（ISBN: 978-4-621-08125-9）
- K?Kinoshita, H Kono, K Yura, Prediction of molecular interactions from 3D-structures: from small ligands to large protein complexes, Janusz Bujnicki ed, Wiley and Sons, 2009,（ISBN: 0-470-52767-0）
- バイオインフォマティクス事典、共立出版、日本バイオインフォマティクス学会編集（分野別編集担当：３章物理化学（江口至洋、木下賢吾）、９章立体構造解析（江口至洋、藤博幸、木下賢吾）、著者多数、2006年（ISBN: 3-4230-05628-0）
- 木下賢吾、中村春木、新訂版・表面科学の基礎と応用、第6章タンパク質表面科学、エヌ・ティー・エス, 2004年（ISBN: 4-86043-051-4）
- 木下賢吾、中村春木、蛋白質構造から見た生物情報、バイオインフォマティクス、応用生命科学シリーズ９、東京化学同人、美宅成樹・榊佳之編、2003年（ISBN: 4-8079-1428-6)
- 木下賢吾、郷信広、理論化学的に見たタンパク質立体構造と機能の関係、タンパク質の分子設計、シリーズバイオサイエンスの新世紀、共立出版、後藤祐児、谷澤克行編、36-49, 2001年（ISBN: 4-320-05554-3)
- 鵜川義弘、水島 洋、金子周司、内山映子、石川光一、牧原真治、竹腰正隆、International Biophysics Congress水沢 博、藤田信之、林 賢紀、木下賢吾、郷 信広、山本隆一、岡崎朋子、ザ・インターネット?with Macintosh & Windows」?医学・生物学研究のためのパーフェクトガイド、羊土社、194-198、1996 (ISBN:?4-89706-613-1)
